Gebelik, her ne kadar doğum sonrası hayatta kalabilmek için, tüm organ sistemlerinin oluştuğu ve hazır hale geldiği bir dönem olsa da, bebek, birçok sistemini anne karnında kullanmaz. Bunun bir örneği de sindirim sistemidir. Gebelikte, sindirim sistemi görevini de plasenta üstlendiği için, sindirim sistemi organları sadece hazırlık dışında kullanılmazlar. Bebek, sindirilmiş besini, anneden, plasenta ve göbek kordonu yoluyla hazır alır. Doğumda bebeğin çıkması ve plasentadan ayrılmasıyla, bebek kendi hazır sindirim sistemi ve enzimlerini kullanmaya başlar.
Anne karnında bebek 10-12. Haftada yutkunma hareketi ve yutmaya başlar. Bağırsak hareketleri ve ilk şeker sindirimi yine bu haftaya denk gelir. Yutmayı başlatan faktörlerden biri de tat alma tomurcuklarıdır. Örneğin; bebeğin amniyon sıvısına şekerli su verildiğinde, bebeğin yutkunması artarken, kimyasal içeren ilaçlı su verildiğinde azalır.
Gebeliğin ilerlemesiyle, amniyon sıvısının miktarı büyük oranda bebeğin yutmasıyla kontrol altında tutulur. Doğuma yakın bir bebek günde ortalama 200-800 ml amniyon sıvısı yutar. Bu sıvının yutulması, sindirim sisteminin büyüme ve farklılaşmasında çok önemlidir. Amniyon sıvısı azlığında, böbreklerin doğumsal olarak yokluğu düşünülürken, amniyon sıvısı fazlalığında da yutmayı engelleyen yemek borusu tıkanıklığı gibi sorunlar akla gelir.
Yeni doğan bir bebeğin solunum sistemi, anne karnında yaptığı ilk kakası olan mekonyumdan temizleniyor.
Bebeğin ilk bağırsak içeriği, amniyon sıvısıyla yutulan artıklardan oluşur. Bu atıklar, akciğer ve deriden dökülen ölü hücreler, bebeğin cildini kaplayan ince kıllar ve bebeğin saçlarıdır. Bu maddeler, ilk dışkıya, siyah-yeşilimsi rengi verir. Bu mekonyum adını verdiğimiz ilk dışkı, normalde doğumdan sonra 24 saatte çıkarılır.
Bebeklerin az bir kısmı da, sıkıntıya girer, oksijensiz kalırsa bu ilk dışkıyı doğmadan anne karnında yapar. Amniyon sıvısına bırakılan bu ilk dışkının akciğerlere gitmesiyle, yeni doğan bebek çok ciddi sıkıntıya girebilir. Bu nedenle, yenidoğan bebeğinburnu ve ağzı hemen salgılardan temizlenir.
Karaciğer de göreve hazır olsa da anne karnında bebeğin karaciğeri kullanılmaz. Plasenta karaciğer görevini de görmektedir. Bebekte alyuvar adlı kan hücreleri daha kısa ömürlü olduğu için, bu hücrelerin yıkımıyla oluşan biluribin adlı madde daha çok üretilir. Bebeğin karaciğeri, bu biluribini safrayla atma donanımına erişmiş olsa da, anne karnında, bu atık madde, plasenta yoluyla, anneye verilerek uzaklaştırılır.
İnsan embryosunda, kanda insülin daha 10.Haftalarda görülmeye başlar. Bebeğin pankreasında yapılan insülin, bebekteki kan şekeri artınca salınır. Erişkinden farklı olarak, anne karnında insülin, büyüme hormonu gibi davranır. Gebelik diyabeti olan, yani kan şekeri yüksek olan annelerde bu fazla şeker, plasenta yoluyla bebeğe geçer. Bu şekere bebek, kendi pankreasında insülin salgısını artırarak cevap verir. Bebeğin kanında yükselen insülin, büyüme hormonu gibi davrandığı için, bebeğin kilosu çok artar ve iri bebek olur. Haftasına göre iri bebeklerin kan insülin seviyeleri yüksekken, haftasına göre küçük bebeklerin kan insülin seviyesinin düşük olması insülinin büyüme hormonu gibi davrandığının bir kanıtıdır. Bu sebeple, haftasına göre iri bebeklerde, annede diabet varlığı araştırılır. Aynı şekilde iri doğum yapan annelerde, ileri yıllarda tip 2 diyabet gelişme olasılığı yüksektir.